او دو بازیکن خود به نام‌های امید عالیشاه و احمد نوراللهی را به راحتی از دست داد تا برای خدمت سربازی راهی تیم رقیب یعنی تراکتورسازی تبریز شوند و پرسپولیس شانس آورد که پنجره نقل و انتقالات تراکتورسازی با حکم فیفا بسته شد وگرنه تراکتوری‌ها با همین دو بازیکن، پرسپولیس را حسابی در طول فصل آزار می‌دادند و شاید شانس قهرمانی این تیم کم می‌شد. برانکو ماجرای جدایی نوراللهی را به راحتی پذیرفت و اجازه داد این بازیکن برای یک نیم‌فصل از جمع بازیکنان سرخپوش جدا شود اما موضوع امید عالیشاه کاملاً متفاوت بود.
عالیشاه بدون اینکه به مدیران باشگاه پرسپولیس خبر بدهد یا حتی برانکو را در جریان بگذارد، دفترچه اعزام به خدمت خود را دریافت کرد و با کد خدمتی مربوط به باشگاه تراکتورسازی راهی این باشگاه شد. بعد از جدایی عالیشاه، خبرهایی به گوش برانکو رسید مبنی بر اینکه عالیشاه در اعتراض به نیمکت‌نشینی، پرسپولیس را ترک کرده و به تیم رقیب پیوسته است و همین امر باعث عصبانیت شدید سرمربی سرخپوشان شد. حتی مدیران باشگاه نیز از رفتار عالیشاه و نوراللهی عصبانی بودند تا جایی که محمد ترکاشوند مسئول نقل و انتقالات باشگاه در مصاحبه‌ای گفت: «نوراللهی و عالیشاه به پرسپولیس خیانت کرده‌اند!»
با این حال وقتی از سازمان نظام وظیفه خبر رسید امکان بخشش در مدت خدمت سربازی عالیشاه و نوراللهی وجود دارد، پرسپولیسی‌ها کاملاً گذشته را فراموش کردند و به دنبال راه‌های بازگرداندن این بازیکنان هستند. برانکو نیز در این مورد به مدیران باشگاه پرسپولیس گفت: «من فکر می‌کنم همه چیز تمام شده و هیچ مشکلی بین ما وجود نداشته است. من این دو بازیکن را نیاز دارم و فکر نمی‌کنم مشکلی با هم داشته باشیم!» به همین سادگی، برانکو باب آشتی با عالیشاه و البته نوراللهی را باز کرد.
